Charla - Indexación de colecciones altamente repetitivas

La charla será impartida por el profesor Gonzalo Navarro, de la Universidad de Chile, y tendrá lugar el jueves 19 de julio a las 12:00, en el seminario 3.1 de la Facultad de Informática.

Resumen:

Las colecciones de genomas de individuos de una misma especie  constituyen colecciones muy repetitivas, dado que todos ellos comparten una proporción muy importante del genoma.  Por ello para indexar dichas colecciones se puede usar esa propiedad de alta repetición para que la colección completa y el propio índice se puedan representar de modo comprimido.

Hay que entender que dicha indexación es crucial para facilitar la investigación en genómica en la que la búsqueda de subcadenas idénticas, (o que se diferencien en pocos términos) a una dada como consulta es una tarea habitual que os investigadores necesitan.

La tecnología actual de alineamiento de genomas se basa precisamente en técnicas de indexación como el FM-index, sin embargo dichas técnicas de indexación no explotan adecuadamente la alta repetitividad de las colecciones que es lo que se trata de explotar ahora para crear toda una nueva generación de técnicas de indexación.